随着冻干技术的兴起与发展，真空冷冻干燥机（冻干机）因适用在中药材的新型加工及活性保鲜，也逐渐在中药材行业得到更广泛应用。
例如鹿茸具有补肾壮阳、益精髓、强筋骨、补气血、通督脉等功效，是珍贵的药材及保健佳品。传统的鹿茸加工方法易造成鹿茸内有效成分流失或破坏，还常常出现破皮、空头、酸败、焦化、腐败变质等缺陷。经过研究，而通过冻干机低温冷冻干燥加工的鹿茸，并与沸水煮炸、微波能和远红外烤箱烘烤等传统的鹿茸加工方法相比较。结果表明，冻干鹿茸可最大限度地保持鹿茸的活性营养成分，鹿茸的形、色、味基本保持不变。既保证了鹿茸质量，又大大缩短加工周期；既能规范化操作，又便于计算机控制技术指标。
植物萃取物是化妆品配方中常见的原料来源，涵盖草本提取物、花卉
随着宠物食品消费不断升级，肉类冻干宠物零食受到越来越多宠物食
方便菌菇冻干汤是近年来即食食品和方便食品加工中的一个热门方向
石斛是常见的名贵中药材原料，常见品类包括霍山石斛、铁皮石斛等
黄芪是中药材加工中常见的根茎类原料，也是药食同源和滋补类产品
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