前述气体导入法控制干燥箱内压力所用的气源一般使用干燥处理、除菌过滤的压缩空气或氮气。气体除菌过滤器的过滤质量十分重要。由于气体过滤系统用于破坏真空时候的细菌残留，为保持冻干过程中气体过滤系统的完整性，需要使用气体过滤器有效的性的在线探测系统。要求每个冻干循环周期后，都应该进行过滤器的完整性测试，以确认冻干过程中过滤器是完好无损的。气体过滤器的灭菌应在装配好后与冻干机干燥箱和冷凝器同时进行。应确认灭菌过程不会破坏过滤器。如若可能，灭菌和完整性测试应尽量在原位进行，避免无菌过滤器的经常更换。
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